交大體育的歷史可上溯至1896年剛剛成立南洋公學時期，秉承交大“起點高、基礎厚、要求嚴、求創新”的優良教育傳統，經過120多年的發展逐步形成了“強國強身、崇尚文化、注重體育、健康向上”的思想。

1897年，在《蒙學讀本》中就提出“泰西之學，其旨萬端，而以德育、智育、體育為綱。”

1898年，開創性地設立了體操課，舉辦首屆全校運動會，比1910年的全國性運動會早12年。

1901年，交大組建校足球隊，并積極與兄弟高校開展比賽。

1907年，技擊、田徑、體操等項目廣泛開展，并列入課堂教學。

1912年，成立技擊部，并于1915年起將技擊運動列入本校運動會項目。

1914年，聯合金陵、東吳、滬江、圣約翰和之江大學成立六大學體育會，定期組織體育比賽。

1916年，增設足球、網球、籃球、壘球、游泳、野外賽跑、技擊、童子軍8個部。

1921年，規定“體育與德育、智育并重”，“體育不及格時，雖其他科目及格不得畢業?！?提倡晨操，實行強迫性運動以及開展游泳、棒球運動和一年一度的運動會等。

1922年，學校技擊隊成立十周年之際，孫中山先生特別題詞“強國強種”，逐漸形成了“強國強身、崇尚文化、注重體育、健康向上”的體育思想。

1932年洛杉磯奧運會，中國代表團第一次參加奧運會，交大體育館主任申國權作為代表參加開幕式，以昂揚的步伐邁出了中華民族走向奧運的第一步。

1953年，隨著院系調整，設體育教研組。

1955年，改體育教研組為體育教研室。

1958年，成立運動隊及體育訓練班。運動隊有賽艇、排球、籃球、足球、壘球、乒乓球、體操、游泳、舉重、田徑等10支隊伍。1959年，確定籃球隊為學校重點隊。

1986年，成立體育系，組建學生體育總會，組織多種課余體育活動和競賽。

1987年，全國首批獲得“試辦高水平運動隊學?！辟Y格。

2011年，獲準成立體育學一級學科碩士點。

2012年，獲準成立體育專業碩士學位點。

2016年與美國明尼蘇達大學聯合培養雙學位。

2019年，游泳達標作為畢業審核條件、體質測試成績進入成績大表。

2020年，軟科“中國最好學科排名”中位列全國體育學學科第4。